Nama beliau banyak dipakai sebagai nama jalan di berbagai-bagai wilayah di Indonesia, malah juga banyak diabadikan dalam pelbagai hal:

1. Pelabuhan laut di Teluk Krueng Raya, Aceh Besar dinamakan dengan Pelabuhan Malahayati[4].
2. Salah satu kapal perang jenis Perosak Kawal Berpeluru Kendali (fregat) kelas Fatahillah milik TNI-Angkatan Laut diberi nama KRI Malahayati. Kapal perang ini dibuat di galangan kapal Wilton-Fijenoord, Schiedam, Belanda pada tahun 1980, khusus untuk TNI-AL.
3. Dalam dunia pendidikan, terdapat Universitas Malahayati yang terdapat di Bandar Lampung.
4. Sebuah serial film Laksamana Malahayati yang menceritakan riwayat hidup Malahayati telah dibuat pada tahun 2007.
5. Nama Malahayati juga dipakai oleh Ormas Nasional Demokrat sebagai nama divisi wanitanya dengan nama lengkap Garda Wanita Malahayati.[5]

Pada 2017, Presiden Joko Widodo mengurniakan anugerahkan Gelaran Pahlawan Nasional berdasarkan Keputusan Presiden Republik Indonesia Nomor 115/TK/Tahun 2017 pada tanggal 6 November.[6]